食品包装直接接触食品，其印刷过程的卫生安全至关重要，一旦出现问题，不仅会污染食品，还会危害消费者健康，因此必须严格把控卫生安全环节。​
首先是材质选择，食品包装印刷的基材需符合食品接触材料安全标准，比如纸张要选择无荧光剂、无异味的食品级牛皮纸或白卡纸；塑料要选用食品级 PET、PE 材质，确保材质本身无毒无害，不会与食品发生化学反应。采购材质时，要选择有资质的供应商，索要材质检测报告，避免使用劣质或不符合标准的材料。​
印刷油墨的选择也需谨慎，必须使用食品级油墨，这类油墨不含重金属、苯类等有害物质，且附着力强、干燥速度快，不会因摩擦或温度变化脱落污染食品。印刷过程中，要控制油墨用量，避免油墨过多渗透到包装内侧，同时确保油墨完全干燥后再进行后续加工，防止未干燥的油墨残留有害物质。​
生产环境的卫生也不能忽视，食品包装印刷车间需保持清洁，定期消毒，避免灰尘、杂质污染包装。车间工作人员要穿戴无菌工作服、手套、口罩，禁止携带与生产无关的物品进入车间，防止人为污染。此外，生产设备要定期清洗维护，避免设备上的油污、杂质转移到包装上。​
成品检测是最后一道关卡，需对食品包装进行卫生指标检测，比如检测是否存在有害物质残留、微生物是否超标等，确保每一批次的包装都符合卫生安全标准，只有检测合格的包装才能用于食品包装。